я б порадив скачати з sun.com jdk (з розширенням bin, а не rpm) і встановити вручну...
я це робив так: спочатку розпакував jdk - sh jdk[tab]
потім створити в /usr папку з джавою (можна і не в /usr, а, наприклад в /usr/local, або в будь-якій іншій директорії..) - sudo mkdir -v /usr/java
далі - скопіювати розпаковану папку /usr/java - sudo cp -r *path-to-unpacked-jdk* /usr/java
і, саме основне - сімлінки на бінарники java (мені вистачає java, javac, jar) - sudo ln -s /usr/java/*jdk-version*/bin/java /usr/bin (повторити для javac і jar, при необхідності - для інших бінарників)
правда от не знаю як з Матлабом буде... можливо доведеться брати з офіційного сайту *.deb пакет і встановлювати.. вдома спробую поставити з репозиторію - скажу як результати

..
Eclipse і т.д. - все-таки доведеться качати з офф. сайтів(хоча, повторюсь - з репозиторію не пробував запускати, може все і нормально буде)...
PS - спроба написати хауту по установці jdk не з репозиторію))..