Десь на російськомовному форумі убунту зустрічав рекомендації уникати встановлення з сорсів.
Здається основні проблеми - видалення та оновлення встановлених таким чином програм.
make uninstall (видалення)
якщо оновитись -- то ще раз інсталл зробити після анінсталлу...
проблема в тому, що не завжди необхідні пакети в репозиторії/на гетдебі/взагалі в інтернеті є... тому іноді доводиться компілити.. інша справа, коли в репозиторії лежить пакет.. от тоді звичайно, тільки встановлювати
ПС по замовчуванню весь скомпіленний софт ставиться в /usr/local, так що максимум що потрібно зробити (якщо вже make unistall не прописаний) -- очистити його...